Para un correcto mantenimento de los discos duros es necesario realizar una degragmentación periodica. Existen un buen numero de aplicaciones Open Source
JkDefrag v3.36
Este es un defragmentador muy simple pero efectivo, realiza todos los pasos simplemente con ejecturar el programa. Analiza, defragmenta y compacta.
Existe una versión más de entorno Windows «My Defrag»
http://www.mydefrag.com/index.html
Ultra Defrag
http://ultradefrag.sourceforge.net/index.html
Un programa clasico es el Auslogics Disk Defrag
http://www.auslogics.com/en/software/disk-defrag
Los tres son programas en continua evolución